Preciso pagar Carnê-Leão quando o aluguel é pago por empresa?

Não precisa. Quando o aluguel é pago por uma pessoa jurídica (empresa), o próprio inquilino já faz a retenção do Imposto de Renda na fonte, quando aplicável. Ou seja, o valor que você recebe já vem com o imposto descontado.

Nesse caso, você não precisa recolher Carnê-Leão sobre esse aluguel específico, basta informar corretamente esses valores na sua declaração anual.